Utviklet dataverktøy for celleforskning

Nylig fikk han og kollegene ved KG Jebsen Center for Cancer Immunotherapy (JCIT) ved Oslo universitetssykehus publisert en artikkel i Nature Methods som viser hvordan en variant av Microsoft Excel kan brukes til å koble sammen store datasett og dermed gi et bedre bilde av hvordan cellene våre er satt sammen.

Lund-Johansen jobber til daglig med laboratorieforskning og stor-skala proteinanalyser ved Rikshospitalet i Oslo.

– Vi har 20.000 utgaver av celleproteiner, alle med ulike funksjoner. Forskere har arbeidet med dette enormt kompliserte maskineriet i et halvt århundre, men det er først det siste tiåret at vi har fått teknologi og instrumenter som gjør det mulig å måle mange tusen proteiner i hvert eksperiment. Problemet nå er at vi oversvømmes med enorme datamengder som ingen kan forholde seg til, sier forskeren.

– Skal være ganske naiv
Historien bak Nature-artikkelen er den om «Espen Askeladd som kom fra ingenting, tenkte ut av boksen og fikk med seg noen gode hjelpere underveis», ifølge Lund-Johansen, som ikke er noen IT-ekspert.

– Du skal være ganske naiv om du er en halvgod Excel-bruker og gir deg i kast med en problemstilling som dataproffene ikke har løst. Men en sjelden gang kan en naiv person komme med noe nytt som proffene ikke har tenkt på. Det er veldig sjelden, og absolutt ikke å anbefale, så dette er et lite mirakel, sier Lund-Johansen.

Det begynte da noen i laboratoriet skulle isolere proteiner fra ulike deler av cellene de jobbet med.

– Man kan gjerne bruke druer som sammenligning og si at vi ville skille skallet fra fruktkjøtt og kjernen. Når cellebiologer har gjort det i mer enn 60 år, regner du med at det finnes en enkel og grei måte å gjøre det på. Likevel fikk vi helt uventede resultater, og det viste seg at nesten ingen gjør det likt.

– Rotete forskningsfelt
Lund-Johansen ville finne en måte å sammenstille dataene, og gjøre dem reproduserbare.

– Langsomt blir man Reodor Felgen på data, og til slutt greide vi å sette databasene opp mot hverandre, og sammenligne dem med resultater fra high-tech studier der man hadde målt tusenvis av proteiner samtidig. Utrolig nok var det ingen som hadde gjort dette før, så vi ble barnet i keiserens nye klær som sier det alle vet men ikke tør si: dette forskningsfeltet er ganske rotete.

OUS-forskerne fikk deretter hjelp av dataproffer i Tsjekkia og Spania til å lage en versjon i Excel og en kraftigere utgave for forskere som er mer datainteresserte. Begge ligger fritt tilgjengelig ute på nettet.

– Vi håper og tror at alle nå vil kunne sammenlikne resultatene sine med de andre har publisert før. Da blir det lettere å lære av hverandre og komme videre, sier Lund-Johansen.

Ytterligere forenkling
Nå jobber han og kollegene videre med neste prosjekt, som er å gjøre selve målingene enklere.

– Noen få av oss bruker instrumenter som kan sammenliknes med stordatamaskiner, mens nesten alle andre bruker noe som mer likner en kalkulator. Vi skal lage PCen som gjør nesten det samme som stormaskinen, men som alle kan bruke hver dag. Da får vi en helt annen driv i arbeidet med å forstå hvordan celler er skrudd sammen og hva som går galt når vi utvikler sykdommer.